กระทรวงสิ่งแวดล้อม ประเทศญี่ปุ่น มอบหมายให้ Global Environment Centre Foundation (GEC) เป็นผู้ดำเนินการเรื่องการให้การสนับสนุนทางการเงิน เริ่มจากการประกาศรับข้อเสนอโครงการที่จะขอรับทุน ประกาศผลการคัดเลือก จัดทำสัญญา ตรวจสอบโครงการที่เริ่มดำเนินการแล้วและโอนเงินสนับสนุนให้กับผู้พัฒนาโครงการฝ่ายญี่ปุ่นซึ่งจะโอนเงินให้กับผู้พัฒนาโครงการฝ่ายไทยต่อไป
การพัฒนาโครงการจะเริ่มจากการที่ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายไทยวางแผนที่จะทำโครงการที่ใช้เทคโนโลยีคาร์บอนต่ำซึ่งช่วยลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจกจับคู่กับผู้พัฒนาโครงการฝ่ายญี่ปุ่นซึ่งจะเป็นตัวแทน (Representative Participant) และเป็นผู้ยื่นใบสมัครขอรับทุน โดยทั้งสองฝ่ายจะต้องลงนามใน Agreement on International Consortium
ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายญี่ปุ่นยื่นใบสมัครขอรับการคัดเลือกเป็นโครงการต้นแบบ JCM ภายในเวลาที่กำหนด (ประมาณกลางเดือนพฤษภาคม) โดยกระทรวงสิ่งแวดล้อม ประเทศญี่ปุ่น จะเป็นผู้พิจารณาการให้ทุน GEC จะประกาศรายชื่อโครงการที่ได้รับการคัดเลือกประมาณสิ้นเดือนมิถุนายน จากนั้นผู้พัฒนาโครงการทั้งสองฝ่ายต้องจัดเตรียมใบสมัครขอรับทุนและเอกสารประกอบเพื่อจัดทำสัญญารับทุน ซึ่งควรดำเนินการให้แล้วเสร็จภายใน 90 วัน หลังจากที่ได้รับการคัดเลือก ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายไทยจึงเริ่มก่อสร้าง/ติดตั้งอุปกรณ์เครื่องจักร และเดินระบบโดยเงื่อนไขการเบิกเงินสนับสนุนเป็นไปตามที่ระบุในสัญญา โดย GEC จะตรวจสอบโครงการ ณ ที่ตั้ง เพื่อประเมินคำขอเบิกเงินและโอนเงินสนับสนุนให้กับผู้พัฒนาโครงการฝ่ายญี่ปุ่นต่อไป ดังรูป
