ขั้นตอนการพัฒนาโครงการ JCM ประกอบด้วย 3 ขั้นตอนหลัก ได้แก่
- การพัฒนาระเบียบวิธีการลดก๊าซเรือนกระจก กรณีที่กิจกรรมของโครงการเป็นไปตามระเบียบวิธีการฯ ที่ได้รับการรับรองแล้ว ผู้พัฒนาโครงการสามารถใช้ระเบียบวิธีฯ ที่ได้รับการรับรองแล้วในการคำนวณปริมาณการลดก๊าซเรือนกระจกของโครงการได้
- การขอขึ้นทะเบียนโครงการ เริ่มจากการที่ผู้พัฒนาโครงการจัดเตรียมเอกสารข้อเสนอโครงการ (Project Design Document : PDD) PDD ประกอบด้วยรายละเอียดเกี่ยวกับกิจกรรมของโครงการ ระเบียบวิธีการลดก๊าซเรือนกระจก (methodology) ที่โครงการใช้ในการคำนวณปริมาณการลดก๊าซเรือนกระจก การประเมินผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม การจัดกระบวนการมีส่วนร่วมของผู้ที่เกี่ยวข้องกับโครงการ จากนั้นให้จัดส่ง PDD พร้อมกับ Modalities of Communication (MoC) statement ไปยังผู้ตรวจประเมินโครงการ (Third Party Entity: TPE) และคณะกรรมการร่วม สำนักเลขาธิการกลไก JCM จะกำหนดเลขอ้างอิงให้กับโครงการและเผยแพร่ PDD ต่อสาธารณชนทางเว็บไซต์เพื่อรับความคิดเห็นเป็นเวลา 30 วันปฏิทิน TPE จะตรวจสอบความใช้ได้ของ PDD (validation) ตามแนวทางการตรวจสอบและทวนสอบโครงการ (Guidelines for Validation and Verification) โดยรับข้อคิดเห็นที่ได้รับจากสาธารณชนทางเว็บไซต์มาประกอบการจัดทำรายงานการตรวจสอบโครงการ (validation report) ส่งมอบให้แก่ผู้พัฒนาโครงการนำไปขอขึ้นทะเบียนโครงการ (registration) โดยผู้พัฒนาโครงการต้องยื่นใบสมัครขอขึ้นทะเบียนโครงการ พร้อม PDD ที่ผ่านการตรวจสอบจาก TPE แล้ว และรายงานการตรวจสอบโครงการมายังสำนักเลขาธิการกลไก JCM ซึ่งสำนักเลขาธิการกลไก JCM จะตรวจสอบความครบถ้วนสมบูรณ์ของเอกสารภายใน 7 วันปฏิทิน ก่อนแจ้งผลให้ผู้พัฒนาโครงการและผู้ประเมินภายนอกทราบ จากนั้นจะเสนอให้คณะกรรมการร่วมพิจารณา และแจ้งผลการพิจารณาให้ผู้พัฒนาโครงการและผู้ประเมินภายนอกทราบ และเผยแพร่ต่อสาธารณชนทางเว็บไซต์
- การขอการรับรองปริมาณคาร์บอนเครดิต ผู้พัฒนาโครงการตรวจวัดค่าของตัวแปรตามที่ระบุไว้ใน PDD ที่ได้รับการขึ้นทะเบียนซึ่งจะมีไฟล์ excel สำหรับกรอกข้อมูลและคำนวณปริมาณการลดก๊าซเรือนกระจก ซึ่งภายใต้กลไก JCM จัดเป็นรายงานการติดตามประเมินผลของโครงการ หลังจากที่ TPE ทำการทวนสอบความถูกต้อง (verification) ของรายงานและจัดทำรายงานการทวนสอบโครงการ (verification report) ผู้พัฒนาโครงการต้องเปิดบัญชีในระบบทะเบียนก่อนขอการรับรองปริมาณก๊าซเรือนกระจก หรือ การออกคาร์บอนเครดิต ผู้พัฒนาโครงการขอการรับรองปริมาณคาร์บอนเครดิตโดยยื่นใบสมัครขอการรับรองปริมาณก๊าซเรือนกระจก ซึ่งระบุการแบ่งสัดส่วนคาร์บอนเครดิตที่เกิดขึ้นจากโครงการระหว่างทั้งสองฝ่าย รายงานผลการติดตามการลดก๊าซเรือนกระจก และรายงานการทวนสอบโครงการมายังสำนักเลขาธิการกลไก JCM ซึ่งสำนักเลขาธิการกลไก JCM จะตรวจสอบความครบถ้วนสมบูรณ์ของเอกสาร ภายใน 7 วันปฏิทิน ก่อนแจ้งผลให้ผู้พัฒนาโครงการและผู้ประเมินภายนอกทราบ จากนั้นจะเสนอให้คณะกรรมการร่วมพิจารณา และแจ้งผลการพิจารณาให้ผู้พัฒนาโครงการและผู้ประเมินภายนอกทราบ รวมถึงหน่วยงานที่ได้รับมอบหมายจากรัฐบาลแต่ละฝ่ายให้ดูแลระบบทะเบียน เพื่อให้ดำเนินการออกคาร์บอนเครดิตในบัญชีของผู้พัฒนาโครงการแต่ละฝ่ายในระบบทะเบียน และเผยแพร่ต่อสาธารณชนทางเว็บไซต์