กรณีที่โครงการยังไม่มีระเบียบวิธีการลดก๊าซเรือนกระจก (methodology) ที่เหมาะสมกับโครงการ  ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายญี่ปุ่นหรือฝ่ายไทย คณะกรรมการร่วม หรือหน่วยงานที่เกี่ยวข้องของแต่ละฝ่าย มีสิทธิเสนอระเบียบวิธีฯ ที่พัฒนาขึ้นตามแนวทางพัฒนาระเบียบวิธีการลดก๊าซเรือนกระจก (Guidelines for Developing Proposed Methodology) พร้อมกับ input sheet และ calculation sheet ให้คณะกรรมการร่วมพิจารณารับรองผ่านทางสำนักเลขาธิการกลไก JCM ซึ่งจะตรวจสอบความครบถ้วนสมบูรณ์ของร่างระเบียบวิธีฯ ภายใน 7 วันปฏิทิน จากนั้นจะเปิดเผยต่อสาธารณชนทางเว็บไซต์ เพื่อรับฟังความคิดเห็นอีกจำนวน 15 วันปฏิทิน คณะกรรมการร่วมสรุปผลการพิจารณา โดยใช้เวลาอีกประมาณ 60-90 วันปฏิทิน นับจากวันที่ปิดรับฟังความคิดเห็น ก่อนจะตัดสินใจรับรอง หรือไม่รับรอง ร่างระเบียบวิธีฯ ดังกล่าว และแจ้งผลการพิจารณาให้ทราบ หลักการพัฒนาระเบียบวิธีลดก๊าซเรือนกระจกภายใต้กลไก JCM มุ่งเน้นให้ผู้พัฒนาโครงการสามารถดำเนินการตรวจวัดข้อมูลที่เกี่ยวข้องได้ง่าย ขณะที่ผู้ประเมินภายนอกก็สามารถทวนสอบปริมาณการลดก๊าซเรือนกระจกได้ง่ายด้วย โดยให้ใช้ค่า Default value ในการประเมินปริมาณการลดก๊าซเรือนกระจกเพื่อไม่ให้ค่าสูงเกินความเป็นจริง และยังเป็นการลดภาระในการตรวจวัดข้อมูลด้วย