ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายไทยต้องคัดเลือกเทคโนโลยีที่สนใจจะใช้ในการดำเนินโครงการ และคัดเลือกนิติบุคคลของญี่ปุ่นซึ่งจะร่วมดำเนินโครงการ  พัฒนาแผนการเงิน และข้อตกลงร่วมกัน โดยให้ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายญี่ปุ่นเป็นผู้ยื่นขอรับทุนสนับสนุนการพัฒนาโครงการ JCM ซึ่งรัฐบาลญี่ปุ่นจะพิจารณาให้งบสนับสนุนการลงทุนบางส่วน (Partial capital fund) สูงสุดไม่เกินร้อยละ 50 ของเงินลงทุนที่โครงการใช้ในการติดตั้งอุปกรณ์/เครื่องจักรหลัก โดยปริมาณก๊าซเรือนกระจกที่ลดได้ที่ผ่านการรับรองหรือคาร์บอนเครดิตจะถูกโอนให้แก่รัฐบาลญี่ปุ่นตามสัดส่วนที่คณะกรรมการร่วมเห็นชอบ เพื่อเป็นสิ่งตอบแทนสำหรับการให้เงินสนับสนุนดังกล่าว  
การขอรับการสนับสนุนทางการเงินมีขั้นตอนการดำเนินการแตกต่างกันขึ้นอยู่กับข้อกำหนดของแต่ละแหล่งทุน การตัดสินใจให้ทุนไม่เกี่ยวข้องกับคณะกรรมการร่วมฝ่ายไทยโดยตรง แต่แหล่งทุนอาจขอความเห็นจากคณะกรรมการร่วมฝ่ายไทย สรุปรายละเอียดแหล่งทุนได้ ดังนี้

กระทรวงสิ่งแวดล้อม ประเทศญี่ปุ่น (Ministry of Environment : MoE)

      MoE ให้ทุนสนับสนุนการพัฒนา JCM model project โดยให้ Global Environmental Centre Foundation (GEC) ทำหน้าที่บริหารจัดการแทน การขอรับทุนนี้ ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายไทยต้องทำความร่วมมือกับนิติบุคคลฝ่ายญี่ปุ่นเป็นกิจกรรมร่วมค้าระหว่างประเทศ (international consortium) และยื่นใบสมัครขอรับการสนับสนุนทางการเงินในนามกิจกรรมร่วมค้าระหว่างประเทศ โดยมีนิติบุคคลของญี่ปุ่นเป็นผู้กระทำการแทนนิติบุคคล (เรียกนิติบุคคลไทยว่าผู้ร่วมโครงการ) เมื่อทราบผลการพิจารณาให้การสนับสนุนทางการเงินจึงเริ่มก่อสร้างโครงการ/ติดตั้งอุปกรณ์เครื่องจักร  โดย MoE จะส่งมอบเงินสนับสนุนตามสัญญาเมื่อการก่อสร้างแล้วเสร็จและเริ่มดำเนินโครงการแล้ว  ปัจจุบัน มีโครงการที่ได้รับเงินสนับสนุนจาก MoE แล้วทั้งหมดจำนวน 7 โครงการ ในปีงบประมาณ 2559 MoE มีกำหนดการเปิดรับใบสมัครขอรับทุนครั้งต่อไปประมาณเดือนเมษายน 2559 และประกาศผลในช่วงปลายเดือนมิถุนายน 2559 ท่านสามารถดูรายละเอียดเกี่ยวกับการขอรับทุนสนับสนุน ได้ที่ 
http://gec.jp/jcm/

กระทรวงเศรษฐกิจ การค้า และอุตสาหกรรม ประเทศญี่ปุ่น (Ministry of Economy, Trade and Industry : METI)

      ให้ทุนในการพัฒนา JCM demonstration project บริหารจัดการโดย New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO) โครงการที่เข้าข่ายจะได้รับทุนจาก METI ต้องเป็นโครงการที่เป็นนวตกรรมหรือเป็นโครงการที่มีการใช้เทคโนโลยีใหม่เป็นรายแรก (first of its kind) การขอรับทุนนี้ ผู้พัฒนาโครงการฝ่ายไทยต้องจัดทำข้อตกลงกับนิติบุคคลฝ่ายญี่ปุ่นซึ่งจะร่วมดำเนินโครงการโดยอ้างอิงบันทึกความเข้าใจ (Memorandum of Understanding: MOU) ระหว่าง NEDO กับประเทศไทย และยื่นใบสมัครขอขึ้นทะเบียนโครงการในนามกิจกรรมร่วมค้าระหว่างประเทศ โดยมีนิติบุคคลของญี่ปุ่นเป็นผู้กระทำการแทนนิติบุคคล (เรียกนิติบุคคลไทยว่าผู้ร่วมโครงการ)

ธนาคารเพื่อการพัฒนาเอเชีย (Asian Development Bank : ADB)

      (JFJCM : Japan Fund for JCM) ให้การสนับสนุนทางการเงินในรูปเงินกู้ ผู้ที่ยื่นสมัครขอรับการสนับสนุนทางการเงินจะเป็นฝ่ายไทยหรือญี่ปุ่นก็ได้     

      นอกจากการให้การสนับสนุนทางการเงินเพื่อติดตั้งอุปกรณ์/เครื่องจักรแล้ว รัฐบาลญี่ปุ่นยังให้การสนับสนุนค่าใช้จ่ายในการว่าจ้างที่ปรึกษาและผู้ประเมินภายนอก (TPE) เพื่อช่วยในการพัฒนาโครงการ JCM อีกด้วย